Projektets syfte är att använda moderna molekylärgenetiska metoder för att lösa en gammal språkhistorisk knäckfråga – den om de samiska språkens förhållande till övriga finskugriska språk. Samiskans status som finskugriskt språk är oomtvistad. Lika omtvistat är det att samerna som folkgrupp är förhållandevis avlägset besläktade med övriga folk som talar finskugriska språk, medan i stället de folk som talar östersjöfinska språk är mycket nära besläktade med sina grannar som talar indoeuropeiska språk. När en sådan situation föreligger, är den vanliga hypotesen att den ena eller andra populationen har undergått ett språkbyte. Den vanliga hypotesen från lingvistiskt håll är att det är samerna som bytt språk, eller fått sitt ursprungsspråk kraftigt modifierat. Ett stöd för denna hypotes är att omkring 30% av ordförrådet i samiska språk inte är känt från några andra språk, finskugriska eller ej.
Det finns en alternativ hypotes, baserad på hur folkgrupperna är besläktade. Enligt den är det samerna som talar sitt ursprungsspråk, och de folkgrupper som idag talar östersjöfinska har tidigare talat indoeuropeiska språk. Denna hypotes har kritiserats på språksociologiska grunder – den förutsätter att en avancerande jordbrukarbefolkning har övertagit en retirerande jägar-samlarbefolknings språk, något som strider mot vedertagen språksociologisk teori och aldrig observerats i verkligheten. Emellertid har moderna molekylärgenetiska data anförts som stöd för den senare hypotesen. Genom att analysera variationer i DNA från mitokondrier och Y-kromosomer har ett svensk-finsk-tyskt forskarteam kunnat konstatera att den population som idag talar finska härstammar från ett mycket litet antal individer för c:a 4 000 år sedan – den finska populationen har genomgått en s k ”genetisk flaskhals”. Det säger sig själv att en mycket liten population har långt svårare att hävda sitt eget språk än en större, och därigenom skulle den språksociologiska invändningen mot hypotesen om finnarnas språkbyte vara undanröjd.
Men för att denna ”flaskhals” ska kunna förklara att finnarnas förfäder bytte språk för fyratusen år sedan, måste det visas att också de andra östersjöfinska folken – ester, voter, liver, karelare och vepser också har samma ”flaskhals”, och också härstammar från ett litet antal människor vid samma tidpunkt. Om de andra östersjöfinska språken inte gör det, så måste det ursprungliga östersjöfinska språket vara äldre än den ”finska flaskhalsen”, och då är denna flaskhals irrelevant för frågan om hur sannolikt det är att ur-östersjöfinnarna har övertagit en retierande jägar-samlarbefolknings språk.
Projektet går praktiskt till så att mitokondrie-DNA och DNA från Y-kromosomen analyseras med avseende på olika variabla markörer – främst så kallade mikrosatellitsekvenser – med PCR- (Polymerase Chain Reaction) teknik. DNA-prov från obesläktade individer som tillhör de olika östersjöfinska folkgrupperna analyseras i tillräckligt stor mängd för att en statistiskt säker slutsats om eventuella ”genetiska flaskhalsar” och deras tidsfästning kan dras. I dagsläget finns DNA-material identifierat från tillräckligt många individer för att slutsatser ska kunna dras från nordestniska populationer, samt från sydestniska populationer från provinsen Võrus landsbygd, vars dialekt brukar anses vara närmare besläktad med liviska än med övriga estniska dialekter. Arbete är igång med att få ihop en representativ DNA-population från den vepsiska och karelska folkgruppen.